User:BTA83/sandbox

Systems biology was begun as a new field of science around 2000, when the Institute for Systems Biology was established in Seattle in an effort to lure "computational" type people who it was felt were not attracted to the academic settings of the university. The institute did not have a clear definition of what the field actually was: roughly bringing together people from diverse fields to use computers to holistically study biology in new ways. A Department of Systems Biology at Harvard Medical School was launched in 2003. In 2006 it was predicted that the buzz generated by the "very fashionable" new concept would cause all the major universities to need a systems biology department, thus that there would be careers available for graduates with a modicum of ability in computer programming and biology. In 2006 the National Science Foundation put forward a challenge to build a mathematical model of the whole cell.[citation needed] In 2012 the first whole-cell model of Mycoplasma genitalium was achieved by the Karr Laboratory at the Mount Sinai School of Medicine in New York. The whole-cell model is able to predict viability of M. genitalium cells in response to genetic mutations.

An earlier precursor of systems biology, as a distinct discipline, may have been by systems theorist Mihajlo Mesarovic in 1966 with an international symposium at the Case Institute of Technology in Cleveland, Ohio, titled Systems Theory and Biology. Mesarovic predicted that perhaps in the future there would be such as thing as "systems biology".

According to Robert Rosen in the 1960s, holistic biology had become passé by the early 20th century, as more empirical science dominated by molecular chemistry had become popular. Echoing him forty years later in 2006 Kling writes that the success of molecular biology throughout the 20th century had suppressed holistic computational methods. By 2011 the National Institutes of Health had made grant money available to support over ten systems biology centers in the United States, but by 2012 Hunter writes that systems biology had not lived up to the hype, having promised more than it achieved, which had caused it to become a somewhat minor field with few practical applications. Nonetheless, proponents hoped that it might once prove more useful in the future.

Shows trends in systems biology research by presenting the number of articles out of the top 30 cited systems biology papers during that time which include a specific topic

An important milestone in the development of systems biology has become the international project Physiome.[citation needed]

Tarihçe

Modern anlamdaki sistem biyolojisinin, 2000'li yılların başında biyoloji bilimlerinin bir alt dalı olarak, Seattle'daki Sistem Biyolojisi Enstitüsü'nün kurulduğu zaman başladığı söylenebilir. Başlangıçta, üniversitenin temel amacı akademiye ilgi duymadığı düşünülen "informatik" ve "yazılım" odaklı araştırmacıların alana ilgisini arttırmak ve onları bu alanda çalışmaya teşvik etmekti. Enstitü, alanın gerçekte ne olduğuna dair net bir tanım da yapmamıştı. En genel anlamıyla amaç, biyoloji bilimlerinde yeni ve daha bütünsel yaklaşımlar uygulayabilmek için bilgisayar temelli teknolojilerden yararlanmak ve bunun için farklı alanlardan insanları bir araya getirmekti.

2003 yılında Harvard Tıp Fakültesi'nde Sistem Biyolojisi Bölümü açıldı. 2000'lerin ortalarında sistem biyolojisi popüler bir terim haline geldi ve her üniversitenin sistem biyolojisi bölümleri açılacağı, bununla beraber programlama ve biyoloji alanlarında kariyer olanakları olacağı tahminlerinde bulunuldu. 2006'da Amerikan Ulusal Bilim Vakfı (National Science Foundation), matematiksel bir hücre modelini oluşturmak için proje fikri ortaya koyu. [alıntı gerekli] 2012'de New York'taki Mount Sinai Tıp Fakültesi'ndeki Karr Laboratuvarı'nda Mycoplasma genitalium'un ilk bütün hücre modeli geliştirildi. Bu bütün hücre modeli, M. genitalium hücrelerinin belirli genetik mutasyonlara uğraması durumunda canlı kalıp kalamayacağını tahmin etmek üzere geliştirilmişti.

Sistem biyolojisinin yeni bir disiplin olarak öncülüğü, 1966'da Cleveland, Ohio'daki Case Institute of Technology'de Sistem Teorisi ve Biyoloji başlıklı uluslararası bir sempozyumda sistem teorisyeni Mihajlo Mesaroviç tarafından yapılmış olabilir. Mesarovic, gelecekte belki de "sistem biyolojisi" diye bir alanın olabileceğini öngörmüştü.

1960'larda Robert Rosen'e göre, moleküler kimyanın egemen olduğu daha ampirik bilim popüler hale geldiğinden, 20. yüzyılın başlarında bütünsel biyoloji modası geçmişti.[17] Kırk yıl sonra 2006'da onu tekrarlayarak Kling, moleküler biyolojinin başarısının 20. yüzyıl boyunca bütünsel yöntemleri bastırdığını yazdı. 2011 yılına kadar Amerikan Ulusal Sağlık Enstitüsü (National Institutes of Health), Amerika Birleşik Devletleri'ndeki ondan fazla sistem biyolojisi merkezini desteklemek için hibe sağladı, ancak 2012 yılına gelindiğinde Hunter, sistem biyolojisinin, yapabildiğinden fazlasını vaad ettiğini yazdı ve bu da alanı olumsuz etkilemişti. Bununla birlikte, alanı savunanlar gelecekte alanın faydalarının görülebileceğini ummaya devam ettiler.

Sistem biyolojisi araştırmalarındaki eğilimleri gösterir. 1992'den 2013'e kadar veritabanı geliştirme makaleleri arttı. Algoritmalarla ilgili makaleler dalgalandı, ancak oldukça sabit kaldı. Ağ özellikleri makaleleri ve yazılım geliştirme makaleleri düşük kaldı ancak 1992-2013 döneminin yarısında bir artış yaşadı. Metabolik akış analizi ile ilgili makaleler 1992'den 2013'e düştü. 1992'de algoritmalar, denklemler, modelleme ve simülasyon makaleleri en çok alıntılandı. 2012'de en çok atıf yapılanlar veritabanı geliştirme makaleleriydi.

Sistem biyolojisi araştırmalarındaki eğilimleri, o zaman içinde atıf yapılan ilk 30 sistem biyolojisi makalesinden belirli bir konuyu içeren makalelerin sayısını sunarak gösterir.

Sistem biyolojisinin gelişiminde önemli bir kilometre taşı, uluslararası Physiome projesi oldu.