User:M2bioinfo-Orsay/sandbox/team7

Motif Small RNA CFIH
Le motif correspond à la séquence concensus d'un sRNA trans-regulateur. Il est fréquemment retrouvé chez Clostridium difficile et plus généralement dans l'ordre des Clostridiales.

Contexte
L'annotation a eu lieu dans le cadre d'un projet au sein de l'Université Paris-Saclay, en association avec le site Rfam.

Étapes de l'annotation
La construction de la famille est partie de la séquence d'ribonucleic acid CD630_n00280.

La recherche Rfam a été performée 5 fois, soit jusqu'à ce que la structure concensus ne change plus. Seules les séquences issues de l'ordre des Clostridiales ont été inclue dans la famille, principalement parce que la séquence de départ appartient à cet ordre, de même que la majorité des séquences, avec une e-value significative, trouvées au cours des différentes itérations de la recherche Rfam.

Afin de trouver des paires significativement covariables à l'intérieur de la structure concensus, le fichier d'alignement multiple de la famille (produit par Rfam) a été utilisé sur R-scape (mode "Evaluate region for conserved structure", paramètres par défaut). Deux paires ont été identifiées : 4-100 et 7-97.

Références
References

Category:Non-coding RNA