User:MaryamMoradi2/sandbox

بیوجاوا یک نرم افزار متن باز است که ابزارهایی در زبان جاوا را برای پردازش داده های بیولوژیکی در اختیار قرار میدهد. درواقع بیوجاوا مجموعه ای از توابع کتابخانه ای است که به زبان جاوا نوشته شده اند که ساختار پروتئینی، اعمال روی رشته ها، تجزیه فایل ها، برنامه نویسی پویا، سیستم توزیع شده و ساختار های ساده برای اسفاده معمول را شامل میشود. بیوجاوا طیف بسیار گسترده از داده ها از DNA و رشته های پروتئینی تا ساختارهای سه بعدی پروتئین را پشتیبانی میکند. کتابخانه های بیوجاوا برای بسیاری از کارهای بیوانفورماتیک مورد استفاده قرار میگیرد همانند: تجزیه بانک داده پروتئین و بسیاری دیگر. این رابط برنامه نویسی (API) تجزیه و تحلیل داده، مدل های داده ای و الگوریتم هایی جهت سهولت کار با حالت استاندارد داده فراهم مینماید و تجزیه و تحلیل و توسعه را تسریع میدهد. دیگر پروژه های بیوجاوا شامل rcsb-sequenceviewer، biojava-http، biojava-spark، rcsb-viewers است.

ویژگی ها
بیوجاوا مدل های نرم افزاری برای بسیاری از امور در برنامه نویسی بیوانفورماتیک فراهم میکند که شامل موارد زیر است:
 * دسترسی به داده های رشته های نوکلئوتید و پپتید از پایگاه داده محلی یا از راه دور
 * تبدیل قالب پایگاه داده و فایل ها
 * تجزیه پروتئین و اعمال روی آن
 * جستجوی رشته های مشابه
 * ایجاد و انجام اعمالی بر توالی یابی رشته‌ها

تاریخچه
بیوجاوا توسط Thomas Down و Matthew Pocock با هدف تسهیل ابزار های بیوانفورماتیک مبتنی بر زبان جاوا توسعه یافت. بیوچجاوا یک نرم افزار متن باز است که طی 12 سال و توسط بیش از 60 توسعه دهنده ایجاد شده است. در اکتبر سال 2012 اولین معرفی از جزئیات مدل ها و توابع و اهداف بیوجاوا منتشر شد و در سال 2018 در Google Scholar 130 بار ارجاع داده شد. آخرین مقاله بر روی بیوجاوا درفوریه سال 2017 با معرفی ابزارهای جدید منتشر شد که امکان شناسایی و تحلیل سه بعدی در بانک داده پروتئین افزوده شده‌بود.

مدل ها
در سال 2014 تا 2015، قسمت هایی از کد بازنویسی شد. در نسخه سوم یک جهش مشخصی ایجاد شد که شامل مدل های مستقل بسیاری که با یک ابزار اتوماسیون به نام Apache Maven ساخته شده اند که این ماژول ها ابزار پیشرفته ای برای مقایسه ساختار پروتئین، توالی یابی دوتایی و چندتایی، کار با DNA و رشته های پروتئینی، تحلیل ویژگی های آمینواسید، تشخیص تغییرات ایجاد شده در پروتئین، پیش بینی منطق بی نظم در پروتئین‌ها و تجزیه فایل ها ارائه میدهد. نسخه پنجم ویژگی های جدید ساختار و هم ترازی معرفی شده است. ماژول ها یی برای مدلسازی توالی نوکلئوتید یا اسید آمینه فراهم میکند و نام کلاس ها طوری تعریف شده که برای زیست شناسان آشنا باشد و مراحل مشخصی از تبدیل ژن به پروتئین ارائه دهد. مدل ها عبارت اند از:
 * ساختار پروتئین
 * ژنوم و توالی
 * هم ترازی
 * ModFinder (مورد استفاده در ساختار سه بعدی پروتئین)
 * آمینواسید و ویژگی‌های‌آن
 * بی نظمی های پروتئین
 * دسترسی به شبکه وب