User:R.bashiri89/sandbox

← متاپروتئومیکس

متاپروتئومیکس به مطالعه ی تمامی نمونه های پروتئین که از منابع زیست محیطی به دست آمده اند گفته می شود. از متاپروتئومیکس برای طبقه بندی آزمایش هایی به کار می رود که با ژن ها و پروتئین های شناسایی شده از جوامع میکروبی پیچیده سر و کار دارند و به تنهایی در دسته ی گونه ها یا ارگانیسم ها طبقه بندی نمی شوند. روش متاپروتئومیکس با ژنومیک زیست محیطی با محوریت ژن یا متاژنومیک قابل مقایسه است [1,2].

منشا نام

واژه ی متاپروتئومیکس نخستین بار توسط فرانسیسکو رودریگز والرا برای توصیف ژن ها و پروتئین هایی که در نمونه های زیست محیطی بیشتر بیان می شوند معرفی شد [3]. این واژه از کلمه ی متاژنوم مشتق شده است. ویلمز و باند از واژه ی متاپروتئومیکس برای شناسایی تمامی پروتئین های مکمل میکروبیوتا (ریزاندامامگان همزیست) در زمانی معلوم در مقیاس بزرپ استفاده کردند [4]. واژگان پروتئومیکس جوامع میکروبی و پروتئوژنومیک جوامع میکروبی گاهی اوقات می توانند به جای یکدیگر به کار روند.

پروتئومیکس جوامع میکروبی

اولین آزمایش مربوط به پروتئومیکس با اختراع ژل الکتروفورز دو بعدی پلی آکریلامید (2D-PAGE) انجام شد. در دو دهه ی 1980 و 1990 طیف سنجی جرمی و طیف سنجی جرمی بر مبنای پروتئومیکس توسعه یافت. درحال حاضر، در پروتئومیکس جوامع میکروبی از هر دو روش برمبنای ژل (ژل دو بعدی و تک بعدی) و غیر ژل (کروماتوگرافی مایع) که هر دو برمبنای طیف سنجی جرمی پپتیدها عمل می کنند استفاده می شوند.

درحالی که پروتئومیکس یک روش اکتشافی است که برای ارائه ی تصویر کامل از پروتئین ار سایر روش های مولکولی و تجزیه ای استفاده می شود، محدود به طبقه بندی ساده ی پروتئین های موجود در نمونه نیست. با تلفیق قابلیت های روش های از بالا به پایین و از پایین به بالا، پروتئومیکس می تواند پاسخگوی نیازهایی همچون تعیین کمی بیان ژن در شرایط مختلف رشد (شرایط مربوط به مواد مغذی، فضایی، دمایی، یا شیمیایی) تا اطلاعاتی نظیر ساختار پروتئین ها باشد [1].

مطالعه ی متاپروتئومیکس میکروبیوم موجود در دهان انسان با استفاده از روش پروتئومیکس شات گان منجر به کشف 50 گونه از باکتری ها شد. نتایج به دست آمده در این مطالعه با نتایج حاصل از پروژه ی میکروبیوم انسانی که با استفاده از روش های متاپروتئومیکس انجام شده بود یکسان به دست آمد [7].

به طور مشابه، روش های متاپروتئومیکس در مطالعات پزشکی کلان که پروتئوم باکتریایی را با سلامت انسان مرتبط می دانند نیز به کار رفته است. در یک مقاله جدید، از روش پروتئومیکس شات گان برای شناسایی میکروبیوم های واژن استفاده شده و 188 گونه باکتری یکتا در 688 زن ثبت شده است [8].