User:Rkalendar/sandbox

Вычислени температу плавления методом ближайших соседей
Термодинамические параметры dG, dH и dS рассчитываются на основе модели ближайших соседей (nearest neighbour). Точная прогнозирования вторичной структуры ДНК при гибридизации с использованием динамических алгоритмов программирования требуется база данных по всем возможным термодинамическим параметрам для каждой комплементарной пары оснований, а также для для всех вариантов при не совпадающих нуклеотидов, для свободных концов, шпилек и петель. Термодинамическая формула вычисления короткого олигонуклеотида основывается на термодинамических параметрах – энтропии dS и энтальпии dH, для каждой из 16 вариантов сочетаний четырех нуклеотидов (Таблица 1). В Таблице 1 представлены термодинамические параметры для ближайщих соседей (NN) для пар нуклеотидов при концентрации 1М NaCl.

Для подсчета Tm (°С) осуществляется суммирование всех значений свободной энергии Гиббса для каждой пары с шагом один нуклеотид:

dG(общая) = dGначальное + dGсиметрия +∑dG + dGAT конец

5’-CGTTGA-3’	= dGначальное + dGсиметрия + CG + GT + TT + TG + GA + AT-конец

3’-GCAACT-5’	                            GC   CA   AA   AC   CT

dG(теоретическая) = 1.96 + 0 - 2.17 – 1.44 – 1.44 – 1.00 – 1.45 – 1.30 +0.05

dG(теоретическая) = -5.35 kcal/mol

Аналогично подсчитываются значения энтропии (dH = -43.5 kcal/mol) и энтальпии (dS = -122.5): Многие ДНК дуплексы имеют конкурирующие однонитевые структуры, и это сдвигает равновесии системы и как результат снижение значения Tм от предсказуемой формулой значения.