User talk:Dwergenpaartje/sandbox

Life

 * LUCA = Last Universal Common Ancestor: LUCA had alle eigenschappen die de hedendaagse organismen gemeenschappelijk hebben, zoals een (prokaryotische) cel, de genetische code en transcriptie met behulp van tRNA, mRNA en ribosomen.<wikipedia It lived in hydrothermal vents and used molecular hydrogen as an energy source. LUCA contained a gene for reverse gyrase, exclusively found in organisms living in high-temperature environments. It most probably did so by using the Wood–Ljundahl pathway, the most ancient of the six pathways that life uses today and which is present in both bacteria and archaea. It reduces carbon dioxide with hydrogen to carbon monoxide and formic acid, building blocks that can be used by life to make more complex compounds. The Wood–Ljungdahl pathway points to an alkaline hydrothermal environment, which provides all the things necessary for it – structure, natural proton gradients, hydrogen and carbon dioxide.
 * Archaea:
 * Bacteria: concestor 73 LBCA or Last Bacterial Common Ancestor. LBCA must have been an anaerobe cell, because the accrual of atmospheric oxygen occurred much later in Earth’s history, as a product of cyanobacterial metabolism. It was probably rod-shaped and created glucose from CO2. Its physiology probably was most like modern bacteria from the Clostridiae (a class with the phylum Firmicutes).
 * Lateral Gene Transfer of Horizontal Gene Transfer

Cyanophyta

 * Anthocerotibacter: A new thylakoid-less cyanobacterium cultured from a tropical hornwort,
 * Aurora vandensis:
 * Gloeobacter: Gloeobacter violacea is a unicellular cyanobacterium isolated from calcareous rock in the mountainous regions of Switzerland. G. kilaueensis is the dominant species of a purple-pigmented epilithic biofilm on the entrance wall of a cave in volcanically active Kīlauea Caldera. The species lack intracellular membranes. The synthesis path of carotenoids in Gloeobacter is unique in cyanobacteria.
 * Synechococcus JA-2-3B a 2-13:
 * Gloeomargarita lithophora:
 * Fotosynthese op basis van H2S en op basis van H2O, photosystemen, antenne-eiwitten, bescherming tegen zuurstofradicalen, rol van membranen, thylacoiden
 * Stikstof-binding
 * The first rise of oxygen in the atmosphere, known as the Great Oxidation Event (GOE) c. 2.32–2.4 billion years ago.
 * Ontwikkeling van meercelligheid maakt dat de afzonderlijke cellen zich kunnen specialiseren, zodat incompatibele processen zich tegelijkertijd toch kunnen afspelen, b.v. fotosynthese (waarbij zuurstofradicalen vrijkomen) en stikstofbinding (die niet kan plaatsvinden in de aanwezigheid van zuurstofradicalen).

Archaeplastida

 * Archaeplastida:
 * Glaucophyta (blauwgroene algen): Cyanophora, Glaucocystis, Gloeochaete, 13 soorten, eencellige algen met niet-gestapelde thylakoïden en chloroplasten zonder extern endoplasmatisch reticulum, uitsluitend chlorophyl a en phycobiliproteïnes, met peptidoglycaan-vlies tussen binnen- en buitenmembraan rondom chloroplast, roodwierzetmeel (floridean starch)
 * Rhodophyta (rode algen): ruim 5000 soorten, cellen zonder flagella, roodwierzetmeel (floridean starch), phycobiliproteïnepigmenten (rood en blauw), niet-gestapelde thylakoïden en chloroplasten zonder extern endoplasmatisch reticulum, chlorophyl a en phycoerythrines, 97% leeft in zee, 3% in zoet water, warmwaterbronnen, bodems, grotten en luiaardhaar
 * Viridiplantae (Chloroplastida of Chlorobionta: groenwieren, landplanten): chloroplasten zonder extern endoplasmatisch reticulum, thylakoïden meestal in stapels van twee tot zes, chlorofyl-a en -b, echt zetmeel en celluloserijke celwanden of schubben

Archaeplastida
De chloroplasten van alle bekende fotosynthetische eukaryoten (behalve 3 Paulinella-soorten) zijn uiteindelijk afkomstig van een enkele cyanobacterie, die ongeveer 1,6 miljard jaar geleden werd ingelijfd, en daarmee ontstond de eerste alg (Archaeplastida). Deze differentiëerde in drie groepen: Glaucophyta, Rhodophyceae en Viridiplantae. De cyanobacterie die het nauwst verwant is aan de chloroplasten zou Gloeomargarita lithophora zijn. Vervolgens namen soorten uit andere eukaryote groepen op een later tijdstip een afstammeling van dit groenwier op, of een andere eukaryoot die zelf al eerder een wier had opgenomen. De eerste aftakking is die van de 13 soorten Cyanophyta of blauwgroene alg. Daarna divergeren de Rhodophyceae en de Viridiplantae.

Paulinella
Paulinella is een geslacht van ongeveer negen soorten die zich als amoebes voortbewegen. De meest bekende leden zijn de drie fotosynthetische soorten P. chromatophora, P. micropora en P. longichromatophora. De eerste twee leven in zoet water, de derde in zee. In tegenstelling tot hun zes naaste verwanten, die allemaal in zoet water leven, zijn ze niet in staat tot fagocytose (het insluiten en vervolgens verteren van organismen). De opgenomen cyanobacterie is het nauwst verwant aan de cyanobacterie Prochlorococcus. Deze heeft zich ontwikkeld tot een door een dubbele membraan ingesloten fotosynthetiserende organel dat wel wordt aangeduid als cyanel of chromatofoor (en dus niet als chloroplast). Het opnemen van deze cyanobacterie vond 90-140 miljoen jaar geleden plaats.

Pseudoblepharisma tenue
De ciliaat Pseudoblepharisma tenue heeft zowel een groene alg als fotosynthetiserende symbiont, maar tevens een fotosynthetiserende purperbacterie.

Rhopalodiaceae
De diatomeeën van de familie Rhopalodiaceae hebben een niet-fotosynthetische cyanobacterie opgenomen.

Streptophyta

 * Streptophyta: innovaties: zijdelngse flagellen, glycolaatoxidase, flagellair peroxidase, CapA\B genduplicatie
 * Mesostigmatophyceae: eencellige flagellaten, 2 soorten
 * concestor 59: niet-beweeglijke vegetatieve fase
 * Chlorokybophyceae: niet beweeglijke 3D klompjes cellen in gelatine-achtige substantie op de bodem in Oostenrijk, 1 soort
 * concestor 58: C/N peroxisomen, meercellige draden, introns in t-RNAala en t-RNALeu?,
 * Klebsormidiophyceae: draden op land of in water
 * concestor 57: phragmoplast (≈celdelingsplaat), plasmodesmata (celwandkanaal), vertakking, seksuele voortplanting, droogteresistente diploïde sporen, cellulose synthese in rozetvorm, proteïnesyntheseverlengingsfactor Tu
 * Charales: dominante gametofiet, hoofdas met zijtakken in kransen, archegonia en antheridia in de oksels, morfologisch sterk gedifferentieerd, ruim 700 soorten
 * Coleochaetophyceae:vertakte draden die soms schotelvormige flapjes vormen van ongedifferentieerde cellen
 * Zygnematophycea: onvertakte, uniseriele draden soms met spiraalvormige chloroplast (Zygnematales), of afzonderlijke cellen (Desmidiales) en dan vaak met allerlei vormen en idem chloroplast, seksuele voortplanting = conjugatie; ruim 3.000 soorten.
 * Spirogloeales, 1 soort Spirogloea muscicola, recent whole genome triplication, subaerial/terrestrial, suggesting that the ancestor of this class might have originated on land

Embryophyta

 * Anthocerotopsida: 221 soorten
 * Bryopsida: 11.500 soorten
 * Marchantiopsida: 5.000 soorten

Tracheophyta

 * uitgestorven vaatplanten a.d.h.v. Rhynie chert

Spermatophyta

 * Cupressaceae: o.a. Sequoia sempervirens, de hoogste boom 115 m

Angiosperms

 * Amborellales 1 soort: Amborellaceae (Amborella trichopoda, Nieuw-Caledonië)
 * Nymphaeales 74 soorten: Hydatellaceae (Trithuria, windbestoven, Australië, Nieuw-Zeeland, westkust India), Cabombaceae, Nymphaeaceae (waterlelie, gele plomp)
 * Austrobailayales 97 soorten: Austrobaileyaceae (1 soort Austrobaileya scandens, liaan uit Queensland), Schisandraceae (o.a. Illicium verum: steranijs), Trimeniaceae

Mesangiosperms

 * Chloranthales: Chloranthaceae 75 soorten
 * Canellales 128 soorten: Canellaceae 23 soorten, Winteraceae 105 soorten
 * Piperales: Saururaceae (o.a. Houttuynia cordata), Piperaceae (o.a. Piper nigrum: groene, witte, zwarte peper), Aristolochiaceae (o.a. Aristolochia clematis: pijpbloem)
 * Laurales: Calycanthaceae (o.a. Chimonanthus: specerijstruik; Calycanthus: meloenboompje of winterzoet), Siparunaceae, Gomortegaceae, Atherospermataceae, Hernandiaceae, Monimiaceae, Lauraceae (o.a. Cinnamomum: kaneel; Laurus: laurier; Persea: avocado; Cassythia: bladloze halfparasiet cf. Convolvulaceae: Cuscuta, warkruid)
 * Magnoliales: Myristicaceae (o.a. Myristica fragrans: nootmuskaat en foelie), Magnoliaceae (o.a. Liriodendron tulipifera: tulpenboom; Magnolia: beverboom), Degeneriaceae (2 endemische soorten van Fiji; meeldraden bladachtig met 3 vaatbundels, en 2 paar microsporangia ingebed in het oppervlak, geen afzonderlijk helmdraad, helmkoppen en helmbindsel), komvormig jong vruchtblad waarop de zaadknoppen zich ontwikkelen maar de randen nooit volledig vergroeien, de stuifmeelbuis groeit door een met haren gevulde spleet naar de zaadknoppen), Himantandraceae, Eupomatiaceae, Annonaceae (Annona cherimola; Annona muricata: zuurzak; Asimina triloba: pawpaw)


 * Acorales: Acoraceae (Acorus: kalmoes)
 * Alismatales: Araceae, (Arum: aronskelk, Amorphophallus: penisplant, hoogste bloeiwijze, Wolffia: wortelloos kroos kleinste zaadplant), Tofieldiaceae, Alismataceae (waterweegbree), Butomaceae (zwanenbloem), Hydrocharitaceae (krabbescheer, kikkerbeet, waterpest), Scheuchzeriaceae (veenbloembies), Aponogetonaceae (waterblommetjie), Juncaginaceae (zoutgras), Maundiaceae, Zosteraceae (zeegras), Potamogetonaceae (fonteinkruid), Posidoniaceae, Ruppiaceae, Cymodoceaceae
 * Petrosaviales: Petrosaviaceae (Petrosavia: mycoheterotrofie, Japonolirion)
 * Dioscoreales: Nartheciaceae (beenbreek), Burmanniaceae (mycoheterotrofie), Dioscoreaceae (yam)
 * Pandanales: Velloziaceae, Triuridaceae, Stemonaceae, Pandanaceae (Pandanus tectorius: geurende schroefpalm, pandanrijst), Cyclanthaceae
 * Liliales: Campynemataceae, Corsiaceae, Melanthiaceae (Paris: eenbes, Veratrum: nieswortel), Petermanniaceae, Alstroemeriaceae (inclalelie), Colchicaceae (herfsttijloos), Philesiaceae, Ripogonaceae, Smilacaceae (Smilax: steekwinde of sarsaparilla), Liliacea (o.a. Erythronium hondstand, Fritillaria kievitsbloem, Lilium lelie, Tulipa tulp, Tricyrtis armeluisorchidee)
 * Asparagales: Orchidaceae (vanille), Boryaceae, Blandfordiaceae, Asteliaceae, Lanariaceae, Hypoxidaceae, Doryanthaceae, Ixioliriaceae, Tecophilaeaceae, Iridaceae (o.a. Crocus, Freesia, Gladiolus, Iris), Xeronemataceae, Asphodelaceae (Aloe, Kniphofia vuurpijl, Hemerocallis daglelie), Amaryllidaceae (Agapanthus; Allium: bieslook, knoflook, prei, ui; Galanthus: sneeuwklokje; Narcissus), Asparagaceae (asperge, lelietje-van-dalen, salomonszegel)
 * Arecales: Dasypogonaceae, Arecaceae (=Palmae) (kokos, oliepalm, suikerpalm, dadelpalm)
 * Poales: Typhaceae (Typha: lisdodde), Bromeliaceae (Ananas), Rapateaceae, Xyridaceae, Eriocaulaceae, Mayacaceae, Thurniaceae, Juncaceae (russenfamilie, o.a. veenpluis), Cyperaceae (zeggefamilie, o.a. papyrus), Restionaceae, Flagellariaceae, Joinvilleaceae, Ecdeiocoleaceae, Poaceae (=Graminea) (haver, rogge, tarwe, mais, rijst, tef, pluimgierst, aargierst, bamboe, olifantsgras)
 * Commelinales: Hanguanaceae, Commelinaceae (Tradescantia: eendagsbloem), Philydraceae, Pontederiaceae, Haemodoraceae (bloedwortelfamilie: Anigozanthos: kangoeroepootje, Dilatris, Wachendorfia)
 * Zingiberales: Strelitziaceae (paradijsbloem), Lowiaceae, Heliconiaceae, Musaceae (banaan), Cannaceae (Canna: Indisch bloemriet), Marantaceae, Costaceae, Zingiberaceae (Zingiber: gember, Curcuma: kunjit, Elettaria cardamomum: kardamom, Alpinia galanga: laos)

Ceratophyllales and Eudicots

 * Ceratophyllales: Ceratophyllaceae (Ceratophyllum: hoornblad, 1-6 soorten, afgrenzing onduidelijk)
 * Ranunculales 199 genera, 4510 soorten: Eupteleaceae, Papaveraceae, Circaeasteraceae, Lardizabalaceae, Menispermaceae, Berberidaceae, Ranunculaceae (o.a. Aconitum: monnikskap, Anemone, Aquilegia: akelei, Caltha: dotterbloem, Delphinium: ridderspoor)
 * Proteales 1750 soorten: Sabiaceae 119 soorten, Nelumbonaceae (lotus, 2 soorten), Platanaceae (plataan, 10 soorten), Proteaceae 1615 soorten
 * Trochodendrales: Trochodendraceae: 2 soorten Trochodendron araloides, Tetracentron sinense
 * Buxales: Buxaceae (7 genera o.a. Buxus en Sarcococca, 120 soorten)

Core-Eudicots

 * Gunnerales: Myrothamnaceae 2 soorten, Gunneraceae (Gunnera, 40-62 soorten)
 * Dilleniales: Dilleneaceae (11 genera met ±360 soorten, o.a. Dillenia)


 * Saxifragales: Altingiaceae, Aphanopetalaceae, Cercidiphyllaceae, Crassulaceae, Cynomoriaceae, Daphniphyllaceae, Grossulariaceae (aalbes), Haloragaceae, Hamamelidaceae (toverhazelaar), Iteaceae (bindwilg), Paeoniaceae (pioen), Penthoraceae, Peridiscaceae, Saxifragaceae (steenbreek), Tetracarpaeaceae
 * Vitales: Vitaceae 850 soorten (wijnstok)
 * Geraniales: Geraniaceae (Geranium: ooievaarsbek, Erodium: reigersbek, Pelargunium, Monsonia), Francoaceae
 * Myrthales: Combretaceae, Lythraceae (Lytrum: kattestaart), Onagraceae (teunisbloem, Fuchsia), Vochysiaceae, Myrtaceae (Myrtus: mirre), Melastomataceae, Crypteroniaceae, Alzateaceae, Penaeaceae
 * Crossosomatales: Aphloiaceae, Geissolomataceae (monotypische Kaapse endeem), Strasburgeriaceae, Staphyleaceae, Guamatelaceae, Stachyuraceae, Crossosomataceae
 * Picramniales: Picramniaceae 50 soorten
 * Huerteales: Gerrardinaceae, Petenaeaceae, Tapisciaceae (syn. Huerteaceae), Dipentodontaceae
 * Sapindales: Biebersteiniaceae, Nitrariaceae, Kirkiaceae, Burseraceae, Anacardiaceae, Sapindaceae, Rutaceae (Citrus), Simaroubaceae, Meliaceae
 * Brassicales: Akaniaceae, Tropaeolaceae (Tropaeolum: oostindische kers), Moringaceae, Caricaceae (Carica: papaya), Limnanthaceae, Setchellanthaceae, Koeberliniaceae, Bataceae, Salvadoraceae, Emblingiaceae, Tovariaceae, Pentadiplandraceae (monotypisch, calorieloze zoetstof ontwijkende mutatie Westelijke laaglandgorilla), Gyrostemonaceae, Resedaceae, Capparaceae, Cleomaceae (o.a. Cleome: kattesnor, poly/para/monophyletisch), Brassicaceae (=Cruciferae) (kool, mosterd, zandraket als eerste plant gesequenced)
 * Malvales: Cytinaceae, Muntingiaceae, Neuradaceae, Malvaceae, Sphaerosepalaceae, Thymelaeaceae, Bixaceae, Cistaceae, Sarcolaenaceae, Dipterocarpaceae (Dipterocarpus: hoogste junglebomen)
 * Zygophyllales: Krameriaceae, Zygophyllaceae
 * Celastrales: Celastraceae (Parnassia, kardinaalsmuts), Lepidobotryaceae
 * Malpighiales: Achariaceae, Balanopaceae, Bonnetiaceae, Calophyllaceae, Caryocaraceae, Centroplacaceae, Chrysobalanaceae, Clusiaceae, Ctenolophonaceae, Dichapetalaceae, Elatinaceae, Erythroxylaceae, Euphorbiaceae (wolfsmelk), Euphroniaceae, Goupiaceae, Humiriaceae, Hypericaceae (hertshooi), Irvingiaceae, Ixonanthaceae, Lacistemataceae, Linaceae (vlas), Lophopyxidaceae, Malpighiaceae, Malesherbiaceae (= Passifloraceae-Malesherboideae), Medusagynaceae (= Ochnaceae-Medusagynoideae), Ochnaceae, Pandaceae, Passifloraceae, Peraceae, Phyllanthaceae, Picrodendraceae, Podostemaceae, Putranjivaceae, Quiinaceae (= Ochnaceae-Quiinoideae), Rafflesiaceae, Rhizophoraceae, Salicaceae (wilg, populier), Trigoniaceae, Turneraceae (= Passifloraceae-Turneroideae), Violaceae
 * Oxalidales: Huaceae, Connaraceae, Oxalidaceae (klaverzuring), Cunoniaceae, Brunelliaceae, Cephalotaceae, Elaeocarpaceae
 * Fabales: Quillajaceae, Fabaceae (=Leguminosae) (Acacia, boon, tuinboon, erwt, linze, goudenregen, blauweregen, kouseband), Surianaceae, Polygalaceae (vleugeltjesbloem)
 * Rosales: Rosaceae (roos, braam, framboos, lijsterbes, appel, peer, pruim, kers, mispel, kweepeer, vrouwenmantel), Barbeyaceae, Dirachmaceae, Rhamnaceae (vuilboom), Elaeagnaceae (duindoorn), Ulmaceae (iep), Cannabaceae (hennep), Moraceae (moerbei, Ficus), Urticaceae (brandnetel)
 * Fagales: Nothofagaceae, Fagaceae (beuk, eik), Myricaceae (gagel), Juglandaceae (walnoot), Ticodendraceae, Betulaceae (berk), Casuarinaceae.
 * Curcubitales: Anisophylleaceae, Corynocarpaceae, Coriariaceae, Cucurbitaceae (meloen, pompoen, komkommer), Tetramelaceae, Datiscaceae, Apodanthaceae, Begoniaceae

Superasteride-groep

 * Berberidopsidales: Aextoxicaceae, Berberidopsidaceae
 * Caryophyllales: Frankeniaceae, Tamaricaceae, Plumbaginaceae, Polygonaceae, Droseraceae, Nepenthaceae, Drosophyllaceae, Dioncophyllaceae, Ancistrocladaceae, Rhabdodendraceae, Simmondsiaceae, Physenaceae, Asteropeiaceae, Macarthuriaceae, Microteaceae, Caryophyllaceae, Achatocarpaceae, Amaranthaceae, Stegnospermataceae, Limeaceae, Lophiocarpaceae, Kewaceae, Barbeuiaceae, Gisekiaceae, Aizoaceae, Phytolaccaceae, Petiveriaceae, Sarcobataceae, Nyctaginaceae, Molluginaceae, Montiaceae, Didiereaceae, Basellaceae, Halophytaceae, Talinaceae, Portulacaceae, Anacampserotaceae, Cactaceae
 * Cornales: Cornaceae, Grubbiaceae, Curtisiaceae, Nyssaceae, Hydrostachyaceae, Loasaceae, Hydrangiaceae
 * Ericales: Balsaminaceae, Tetrameristaceae, Marcgraviaceae, Lecythidaceae, Mitrastemonaceae, Fourqueriaceae, Polemonaceae, Sapotaceae, Ebenaceae, Primulaceae, Pentaphyllaceae, Theaceae, Symplocaceae, Styracaceae, Diapensiaceae, Saraceniaceae, Actinidiaceae, Roridulaceae, Clethraceae, Cyrillaceae, Ericaceae
 * Campanulids: Aquifoliales, Asterales, Escalloniales, Bruniales, Apiales, Dipsacales, Paracryphiales, Aquifoliaceae (Ilex 560 soorten, hulst). Asterales: o.a. Rousseaceae (Roussea simplex, Mauritius afhankelijkheid van blue-tailed day gecko voor zaadverspreiding), Campanulaceae (was paraphylletisch, nu monophyletisch door opname Lobeliaceae), Goodeniaceae (Scaeviola eenjarig tuinplantje), Asteraceae (Helianthus, zonnebloem, aardpeer)
 * Icacinales: Icacinaceae, Oncothecaceae (Oncotheca 2 soorten: Nieuw Caledonië)
 * Metteniusales: Metteniusaceae
 * Garryales: Garryaceae (Garrya, Aucuba), Eucommiaceae (Eucommia 1 soort, bast Chinese herbology)
 * Boraginales: Codonaceae, Wellstediaceae, Boraginaceae, Hydrophyllaceae, Namaceae, Heliotropiaceae, Cordiaceae, Ehretiaceae
 * Gentianales: Rubiaceae, Loganaceae, Gelsemiaceae, Gentianaceae, Apocynaceae
 * Lamiales: Plocospermataceae, Carlemanniaceae, Oleaceae (olijf, liguster), Tetrachondraceae, Peltantheraceae, Calceolariaceae, Gesneriaceae, Plantaginaceae, Scrophulariaceae, Stilbaceae, Byblidaceae, Linderniaceae, Pedaliaceae, Martyniaceae, Acanthaceae, Bignoniaceae, Schlegeliaceae, Lentibulariaceae, Thomandersiaceae, Verbenaceae, Lamiaceae (=Labiatae) (lavendel, thijm, rozemarijn, salie), Mazaceae, Phrymaceae, Paulowniaceae, Orobanchaceae
 * Vahliales: Vahliaceae (Vahlia 8 soorten)

geslacht Solanum

 * section Thelopodium: S. thelopodium, S. monarchostemon (Amazonian Colombia, Ecuador and Peru), S. dimorphandrum of N. and W. coastal Colombia and adjacent Panama
 * Potato-group: sections Regmandra, Herpystichum, Pteroidea, Basartrhum, Anarrhichomenum, Etuberosum, tomatoes and potatoes